15 Dec Tips dan Trik untuk menggunakan TaqMan SARS-CoV-2 Mutation Panel

TaqMan SARS-CoV-2 Mutation Panel merupakan solusi yang dapat disesuaikan dan mudah digunakan untuk mempelajari varian SARS-CoV-2 yang muncul. Pengujian ini mengidentifikasi adanya mutasi yang relevan, memungkinkan peneliti untuk mengenali dan melacaknya. Panel Mutasi TaqMan SARS-CoV-2 dirancang agar fleksibel dan dapat disesuaikan, memungkinkan peneliti untuk menyesuaikan saat mutasi baru ditemukan. Panel ini dapat dijalankan pada platform qPCR apa pun, pengujian ini adalah masa depan penelitian SARS-CoV-2.

Tentukan Tipe Eksperimen Anda

Perangkat qPCR Applied Biosystems memiliki banyak jenis eksperimen yang dapat dilakukan, seperti  di perangkat lunak QuantStudio yang menjalankan dan memproses hasilnya. Untuk menggunakan Panel Mutasi TaqMan SARS-CoV-2 dengan hasil terbaik, Anda perlu menyetel instrumen ke tipe eksperimen Genotyping. Saat membuat eksperimen baru di QuantStudio, gunakan menu Experiment Type untuk menyetel tipe ke Genotyping. Opsi ini akan memastikan instrumen mengumpulkan dan memproses data dengan tepat.

Proses Reverse Transcription

Setelah dasar eksperimen ditentukan, sekarang saatnya untuk memberikan instruksi yang lebih mendetail. Untuk Panel Mutasi TaqMan SARS-CoV-2, instruksi termasuk menambahkan langkah reverse transcription ke prosedur bawaan. Di tab Metode di bagian atas layar, anda dapat mengatur parameter Thermal Cycle, termasuk menambahkan step ini. Hapus langkah pre-read default dengan mengarahkan kursor ke atasnya dan mengklik tanda minus atau dengan menghapus centang pada kotak “Pre-PCR read” di kanan atas layar. Gantilah dengan step Hold dengan mengeklik step Hold yang ada dan setel suhu step hold baru ke 50 ° C dan waktu ke 10 menit. Atur suhu di step lainnya seperti yang ditentukan dalam protokol.

Data Real-Time

Menyelesaikan eksperimen adalah awal dari kesenangan yang sebenarnya: menganalisis data. Untuk Panel Mutasi TaqMan SARS-CoV-2, analisis data dilakukan dengan Applied Biosystems Design and Analysis software, versions 2.5  dan yang lebih baru, dengan Genotyping Analysis Module. Impor data Anda menggunakan tombol “run file” dan gunakan menu drop-down Action  untuk memilih Genotyping Analysis Settings untuk memulai. Centang kotak Real Time Data di dekat bagian atas dan gunakan tombol Apply untuk menjalankan analisis secara otomatis. Beberapa tab hasil akan dibuat; tab yang menyajikan hasil pengujian ini adalah tab Genotyping.

Plot Cluster

Hasil dari Panel Mutasi TaqMan SARS-CoV-2 disajikan sebagai plot cluster, yang menunjukkan perbedaan antara sampel wild type dan mutasi untuk setiap varian gen yang dimaksud. Diagram ini mengelompokkan sampel yang memiliki atau tidak memiliki mutasi yang dimaksud, hal ini memungkinkan peneliti mengidentifikasi mutasi yang menjadi ciri strain tertentu. Menu drop-down di samping “SNP Assay” memungkinkan peneliti untuk memilih di antara beberapa pengujian yang dijalankan pada Plate yang sama.

Diterjemahkan dari : http://ow.ly/9oDL50ELURh