Mengapa Sekuensing Gen S merupakan kunci dalam surveilans SARS-CoV-2?

10 September 2024

10 Sep Mengapa Sekuensing Gen S merupakan kunci dalam surveilans SARS-CoV-2?

Posted at 14:09h in Science by

Surveilans epidemiologi global merupakan langkah yang vital untuk memahami evolusi dari virus patogen dan memantau perubahan pada kemampuan penularan, virulensi dan patologi penyakitnya. Metode molekuler seperti Real-Time Polymerase Chain Reaction ( RT-PCR) dan Next Generation Sequencing (NGS) memungkinkan pengujian laboratorium yang cepat dan meluas untuk menentukan prevalensi dari SARS-CoV-2 dalam populasi. Namun, munculnya strain baru dari mutasi genetik menandakan bahwa sekuensing merupakan kunci untuk surveilans SARS-CoV-2. Seiring para peneliti melacak evolusi virus ini, mereka juga harus memahami, bahwa mutasi yang terjadi tidak hanya mempengaruhi perilaku dan inefektivitas virus tersebut, namun mutasi juga dapat berpengaruh pada deteksi SARS-CoV-2.

Gen-S mengkode sebuah protein yang berada di permukaan virus, yaitu protein spike, yang merupakan kompleks glikoprotein homotrimetrik yang penting untuk inefektivitas virus. Kompleks ini terdiri dari dua subdomain; S1 yang memuat dua domain pengikat reseptor, receptor binding protein (RBD) yang memiliki afinitas atau daya ikat tinggi terhadap enzim angiotensin converting enzyme 2  (ACE2). Protein ini memodulasi aktivitas angiotensin II yang merupakan hormon polipeptida vasoaktif yang ada di seluruh tubuh.